L’unité développe des recherches sur les maladies animales et zoonotiques d’importance économique et sanitaire pour les pays du Sud, dont certaines menacent les pays du Nord.
Les recherches sont fondées sur l’étude des interactions entre les micro-organismes pathogènes, les hôtes cibles (domestiques et sauvages) et les vecteurs lorsqu’ils existent en prenant en compte les facteurs d’environnement. Elles visent à décrire et à caractériser les déterminants de l’émergence des agents pathogènes, de leur transmission et de leur diffusion, les processus infectieux mis en œuvre et la dynamique des populations de vecteurs dans le cas des maladies vectorisées. Les échelles d’analyse s’échelonnent du niveau moléculaire à celui des populations et les recherches combinent des expérimentations en laboratoire et en milieu contrôlé, ainsi que des expérimentations et enquêtes en milieu naturel.